历史的长河，在这里平静地流淌了几十年后，终于掀起了波涛。
    同治年间，回疆又连年发生大的动荡。陕西阿訇妥明占领了乌鲁木齐，成立了清真国，自立为清真王，迫使清镇迪道的大臣文麟不得不逃来镇西（巴里坤）。浩罕军官阿古柏（正确译音为雅可夫伯克，现从习惯）侵入喀什，进而占领南疆，成立哲德沙尔汗国，亦自称王。清军处处失守，节节败退，全疆连哈密也岌岌可危。
    哈密也酝酿着岩火。这里的回民马兆强、马环也在策动暴动。他们响应清真国的召唤，要把这块土地割出去，变成清真国的版土。
    博锡尔面临着严重的抉择。一边是岌岌可危的清军，地盘几近丢光，形势危若累卵；一边是汹涌澎湃的起义暴动大潮。都是同家同教的人，怎么办？
    关键时刻，博锡尔和自己的大、小福晋（王后、王妃）商量。大福晋买如里巴纽是伊犁贵裔之女，处处以夫命是从；小福晋是道光十二年从京城回族中娶来的，见多识广，聪慧过人，博锡尔甚是喜爱，小福晋的见解甚能左右形势。她说：“现在表面上看起来是叛军势力大，清军节节败退。但仔细想想却完全不是那么回事。王爷你到京城朝觐皇上，一路大概看到了吧？万里版图，千座城廓官军有多少？韭菜能割光吗？清军就像韭菜一样，割掉一茬又长一茬。你不要看现在清真国人多气势汹汹，他们那点人还不够朝廷大军塞牙缝呢。大小和卓聚众几万又怎么样？结果还不是一个一个被抓住杀了头。我也对他们有个比方：叛贼好比萝卜，拔一个少一个，最后啥都没有了”。
    “妥明是个什么人？不过是从陕西跑过来的阿訇；阿古柏是个从外国跑来的，我不信他们这么闹是为我们。别看现在甜言蜜语说什么同宗同教，他们是想拉拢你给他办事。一旦他们成了气候，还能叫你在哈密当王？我们怕都要吃苦头了。何况我看他们根本成不了事，一个个都是断头的命”。
    “我是个妇道人家，这是我的小家子看法。主意要王爷你自己拿”。
    小福晋的这些话，博锡尔听了认为很在道理。他决定仍然站在清政府一边，和中央保持一致，保卫哈密。
    9月29日夜，博锡尔集合王府旗队官兵300余骑，下达了效忠后上“拔萝卜”的命令。于是马队驰往回族人聚居的老城城关一带，以即将采取行动防止清军报复为名，将回民各户迁往回城暂居，一千余回民男女老少竞想聚集，由马队“护送”至回城西北大礼拜寺外一低洼处团团围定，全部杀戮，血流成河。
    10月2日，伊吾吐葫芦回民马添才父子发动暴乱，杀死卡官及汉族移民70余户老幼，并进攻沁城。博锡尔下令王府骑兵配合清军进剿，将马添才父子一伙追歼于天山板房沟。
    但哈密的这些暂时的稳定并未能阻止全疆涌起的暴动浪潮。次年（同治四年1865年）5月，南疆来的苏布尔格、库车热西丁，乌鲁木齐清真国的马升、黑老哇等，先来哈密攻陷了汉城（老城），哈密办事大臣扎克当阿、协镇王普德、通判陈宜禾等皆战死，城内汉民除逃走的以外全遭屠戮，老城变成了一座死城。6至8月，这两支势力或分或合，把矛头指向天山北清军留下的唯一据点巴里坤。面对这种严重态势，清军决心拼死保城。当年连续四次扑城的库车热西丁、清真国马升元帅组织的叛军，都被清军击退。
    激烈的攻坚战仍在进行，同治五年（1866年）5月热西丁率8000多人连续攻城6日；12月20日，元帅马升率5000人攻城4日，但巴里坤提督总兵何琯指挥全城军民坚守，城市屹立不动。仗打得相当惨烈，但这座城终于守住了。
    在巴里坤县城南、岳公台西一里左右的山坡上，有一块高1.8米长2米的天然卧牛石，上面刻有480余字的隶书碑文，记载了这段难忘的历史。碑文主要说：
    “惟同治初西域变乱，全疆沦陷，孤留坤城，蕞乐一区，万难独立。于是援伊吾、拯渠犁、薄阜康、救车师，以故满汉精壮之士相继伤亡。又值灾歉频乃，警报迭至。泊同治四年六月间，大股劲敌挟夫强袭我坤，逼近满、汉两城，期必屠戮。幸赖都统......以及八旗各营官弁、绅商等，奖励共士，勉以忠义，誓同生死。率少数枵腹之士卒，敌万人虎狼之残暴。......追忆诸公当年誓守孤城之功绩，岂小也哉！......”
    这座碑被称为“保安碑”，是同治之乱半个世纪后，在民国七年（1918年）由巴里坤协镇多凌主持刻立的，碑文由知县孙光祖书写，记载了这段令人难忘的历史。相传当时守军严重缺粮，不少战士饿死，但竟坚守住了这座边城，不能不说是一个奇迹。